Rでマルチプルアライメントを可視化しよう

マルチプルアライメントを可視化するRパッケージに、ggmsaを見つけた。

yulab-smu.top

可視化するために、気に入った見た目にできるツールがあまりなかったので良かった。

(雑な)使い方:とりあえず使ってみる

DNAの時

library(ggmsa)
library(ggplot2)

msa_file <- "file_path" #読み込むfastaファイルのファイル名

ggmsa(msa_file, font = NULL, color = "Chemistry_NT", show.legend = TRUE) + #font = NULLにすると、配列の文字が消えるので、動作が速くなる。
    facet_msa(field = 120) + #横に入りきらないとき、決まった長さごとに改行できる。
    labs(fill = NULL) + #レジェンド名を消す。
    theme(text = element_text(family = "helvetica", colour = "black", size = 10), axis.text = element_text(family = "helvetica", colour = "black", size = 5)) #文字サイズなどの調節。
ggsave("figure_name.png", width = 8, height = 8, dpi = 600, device = "png", bg="white") #サイズなどは適宜変更

アミノ酸の時（ほぼ一緒）

library(ggmsa)
library(ggplot2)

msa_file <- "file_path" #読み込むfastaファイルのファイル名

ggmsa(msa_file, font = NULL, color = "Zappo_AA", show.legend = TRUE) + #font = NULLにすると、配列の文字が消えるので、動作が速くなる。
    facet_msa(field = 120) + #横に入りきらないとき、決まった長さごとに改行できる。
    labs(fill = NULL) + #レジェンド名を消す。
    theme(text = element_text(family = "helvetica", colour = "black", size = 10), axis.text = element_text(family = "helvetica", colour = "black", size = 5)) #文字サイズなどの調節。
ggsave("figure_name.png", width = 8, height = 8, dpi = 600, device = "png", bg="white") #サイズなどは適宜変更

colorやfontは、好みによって変えること。